男性阴茎短小的原因主要有：
一、怀孕期间用。在母体怀孕期间因用不当影响到雄性激素的分泌，产生先天不足，缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良。
二、雄性激素不足。曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，可因为雄性激素不足而无法促使生殖器发育。
三、包皮包茎问题。如果男性生殖器包皮过长，会使得生殖器缺乏生长的必要空间，阴碍阴茎的发育生长。
四、营养摄入不足。青少年发育期间一定要各方面营养元素均衡足量的摄入，一旦缺乏锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白，且后天也不注重对相关能量的补充，往往都无法让生殖器有效发育。
五、不良环境因素。后天环境不良也会对男性睾丸的发育造成影响，比如长期从事微波、超声、高温、放射线等作业的男性，可能因为这些不良的因素使得睾丸发生萎缩而进一步影响其功能终也导致阴茎发育受到影响。
男性阴茎短小的危害有哪些?
一、心理危害
如果男性长期的存在阴茎短小就会让男性在思想上感到很自卑，或者是压抑感，他们怕进公共澡堂，怕进公共游泳池，怕在人多时上厕所，怕受到性伴侣的歧视，长此以往，可诱发性自卑、性冷淡等严重的身心疾病。
二、生理危害
当男性在出现阴茎短小的情况后，就会造成自己出现包皮包茎，包皮包茎不但是龟头炎、前列腺炎的罪魁祸，还可造成一系列的男性疾病，引起性交疼痛、阴囊疼痛、睾丸发育差等;
三、家庭危害
阴茎短小的存在将会严重的影响性生活的质量，同时让自己的妻子得不到很好的满足，甚至诱发家庭关系的破裂，过长的包皮很容易把病菌带进女性的阴道，导致女方感染各种妇科疾病，严重破坏夫妻生活幸福。
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